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私は現在Windows7を使っています。
Windows7では、シャットダウンや再起動コマンドを実行すると、
起動中のプログラムを自動的に終了してシャットダウンしますが、
アプリケーションによっては、
「このプログラムにより、シャットダウンできません」
といわれるものがあります。
この表示が出たらユーザーのとりうる行動は二択で、
・強制終了ボタンを押して強制終了
・キャンセルを押して通常画面に戻り、手動で終了させてから再度シャットダウン
です。

Windowsのグループポリシーの設定をいじれば、この表示を出さずに毎度強制終了にすることは可能なのですが、
終了時にプログラムの強制終了の問い合わせを出さない(Windows7移行まとめwiki)

私の場合、FirefoxとTogglのアプリが邪魔になる事が多いのですが、この２つはおおむね強制終了してしまって大丈夫なものです。しかし、他に同時に立ち上げていたプログラムの中に強制終了したらダメなやつが混じっているかもしれません。たとえば、作成中の文書の保存忘れ等の場合は戻って作業したい事もありそうです。
そこで、シャットダウン前にFirefoxとTogglだけ強制終了し、そのまま通常のシャットダウンをするバッチファイル（.bat）を作成します。

メモ帳や秀丸などのテキストエディタで以下を入力し、「shutdown-bat.bat」等のファイル名で保存します。

↑これはシャットダウンの場合ですが、再起動の場合には↓
「shutdown.exe -r -t 0」
とします。

taskkillしたいプログラムの、実行ファイル（.exe）の名前を調べて書き替えてください。

シャットダウンしたいときはこのファイルをダブルクリックしたり、ランチャにショートカットを置くなどして使います。

※Windowsのバージョンによってはコマンド・オプションが変更になる可能性がありますので、よくご確認の上、自己責任で実行ください。

参考にしたサイト(オプションの解説など書かれています)
よく使うアプリを一発で起動・終了できるbat　-うれしいブログ
ダブルクリックでシャットダウンできるバッチを作る。-初心者サーバ運営野郎の Windows に関する、ちょっとしたワザ